Poměrně málo známou možností léčby gastroezofageálního refluxu (GERD) a dalších funčních poruch jícnu je rehabilitace. Funční poruchy trávicího traktu se projevují obdobně jako funkční poruchy pohybového systému - je narušena funkce. Nejčastěji je postižena mobilita (pohyb), tonus (napětí) a senzitivita (citlivost) hladké a kosterní svaloviny.

Fyzioterapie u GERD využívá principů viscerální rehabilitace. Viscerální rehabilitace se zabývá ošetřováním vnitřních orgánů (viscera) a okolních struktur (kosti, klouby, svaly, fascie) pomocí jemných a přesně cílených pohybů. Viscerální rehabilitace slouží k diagnostice i následné terapii funčních poruch vnitřních orgánů. V oblastech se sníženou nebo naopak zvýšenou hybností, napětím a citlivostí dochází pomocí terapie k obnobení či zlepšení fyziologického pohybu, které má následně pozitivní vliv i na funkci daného orgánu. Dále se v terapii uplatňují techniky reflexní terapie, respirační (dechová) a posturální fyzioterapie. Velmi důležitou součástí je individuální léčebná tělesná výchova na domácí léčbu u GERD a možnosti autoterapie.